Bên cạnh đó, hệ vi sinh vật đường ruột là rất quan trọng cho cơ thể người, chúng có vai trò trao đổi chất và ngăn ngừa nhiễm bệnh như: viêm ruột, mỡ trong máu, tính kháng khối u, dung nạp đường lactose và hệ miễn dịch đường ruột.

Ở trẻ em, hệ vi sinh vật đường ruột được bắt đầu hiện diện sau khi sinh. Nếu trẻ dùng sữa mẹ, thì sự hiện diện khuẩn có lợi và khuẩn Bifidobacteria sẽ chiếm ưu thế hơn các khuẩn gây hại. Ngược lại, đối với trẻ dùng sữa công thức thì sự hiện diện của các khuẩn gây hại như: Coliform, Enterococci hay Bacteroides sẽ chiếm ưu thế.

Sự cư trú của khuẩn đường ruột là một tiến trình chậm chạp, được cấu thành bởi nhiều nhân tố như: thành phần hệ vi sinh đường ruột của người mẹ, môi trường ruột, nhân tố di truyền, mức độ vệ sinh, cách sinh con (sinh mổ hay sinh thường), tình hình dùng thuốc kháng sinh hay chế độ chăm sóc (đặc biệt ở các bé sinh sớm).

Sự định cư của khuẩn có lợi Bifidobacterium có thể trễ hay sớm là bởi lấn át của khẩn gây hại hoặc các nguồn bệnh (chúng hay thay đổi và phát triển rất nhanh)

Tuy nhiên, nhìn chung ở các trẻ bú sữa mẹ, thì hệ vi sinh vật đường ruột được chiếm đa số bởi khuẩn Bifidobacterium và Lactobacillus bifidus bởi vì trong sữa mẹ có chứa Probiotic và Prebiotic (oligosaccharide), một nhân tố cho sự phát triển của Probiotic.

Với các trẻ cho ngưng bú sớm, sự định cư của khuẩn Probiotic sẽ giảm theo thời gian. Ngược lại, với trẻ chỉ uống duy nhất sữa công thức, tức không có Probiotic vào cơ thể thì hệ vi sinh đường ruột của chúng dễ trở nên bất thường.

Thực tế, sự định cư của khuẩn probiotic giúp tăng ổn định hệ vi sinh đường ruột, điều này được thực hiện khá đơn giản qua chế độ ăn có chứa prebioitc, probiotic hay kết hợp cả 2 (synbiotic).

Do vậy, với trẻ sơ sinh thì probiotic và prebiotic là không thể tách rời. Đây là điều rất quan trọng trong việc nuôi con bằng sữa mẹ. Trong khi cung cấp probiotic, sữa mẹ còn cung cấp prebiotic để giúp sự phát triển tốt hơn cho các khuẩn có lợi.