Quá trình sản xuất sản phẩm probiotic nói chung hay sữa lên men nói riêng đòi hỏi phải được sản xuất với công nghệ cao trong điều kiện vệ sinh hết sức nghiêm ngặt để sản phẩm sản xuất ra là an toàn tuyệt đối cho người sử dụng. Điều quan trọng nhất của quá trình sản xuất là tránh sự nhiễm tạp của bất kỳ vi sinh vật nào khác bởi vì sản phẩm rất dễ bị ảnh hưởng bởi sự phát triển của chúng.

Hơn nữa, cần phải duy trì lượng khuẩn probiotic trong sản phẩm biểu hiện hoạt tính có lợi của chúng cho sức khỏe người sử dụng. Đó là những lý do mà tại sao Yakult lại được sản xuất trong điều kiện hết sức nghiêm ngặt với công nghệ hiện đại như được diễn tả dưới đây:

1.	Phối trộn: trộn chung hỗn hợp sữa bột gầy, đường và nước, sau đó lọc vô trùng trong bồn lớn.
2.	Vô trùng: dung dịch sữa đã chuẩn bị trên được tiệt trùng tại nhiệt độ cao trong 1 thời gian ngắn để tiêu diệt tất cả vi sinh vật nào mà có hiện diện trong sữa. Sau đó, dung dịch được vận chuyển qua nhiều hệ thống ống và valve đến bồn lên men lớn.
3.	Lên men: chủng khuẩn L. casei Shirota đã được nuôi cấy và thử nghiệm trong phòng thí nghiệm, được cho vào bồn lên men. Sau thời gian lên men, trong bồn lên men có chứa hàng tỷ khuẩn sống và lúc này dịch trong bồn là đặc sệt. Sau đó hỗn hợp này được đồng hóa.
4.	Bồn lưu trữ: Sản phẩm sau khi đồng hóa sẽ được chuyển vào bồn lớn có chứa dung dịch đường. Mục đích của giai đoạn này là để trung hòa vị chua của sản phẩm sau khi lên men, đồng thời đường sẽ là nguồn dinh dưỡng cung cấp cho khuẩn L.casei Shirota sống trong thời hạn sử dụng
5.	Bồn phối trộn: hổn hợp trên được pha loãng với nước cất vô trùng (đã được xử lý bằng tia UV).
6.	Tạo chai: các chai nhựa polystyrene được sản xuất tại nhà máy bằng máy tạo chai. Các hạt nhựa polystyrene được đun nóng và tạo khuôn dạng chai Yakult. Sau đó, chúng được chuyển qua bồn chứa lớn vô trùng cho các công đoạn tiếp theo.
7.	In nhãn: tên Yakult cũng như những thông tin quan trọng khác, bao gồm cả thành phần dinh dưỡng được in lên chai.
8.	Chiết rót sản phẩm: mỗi chai sẽ được làm đầy với 65ml Yakult. Sau đó chai sẽ được đậy nắp với giấy nhôm đỏ bạc. Hạn sử dụng cũng được phun lên nắp mà sau đó được đóng vào chai.
9.	Đóng gói: 5 chai sẽ được bao lại thành 1 pack trong 1 lớp nhựa mỏng polypropylene. Và 10 pack được đóng gói thành 1 case.
10.	Bảo quản: thành phẩm cuối cùng sẽ được vận chuyển đến kho lạnh 5°C và sản phẩm sẽ được lưu tại kho 1 ngày để kiểm tra chất lượng sản phẩm trước khi phân phối đến tay người tiêu dùng.
11.	Kiểm tra chất lượng: Mỗi đợt sản xuất, có khoảng 200 mẫu được kiểm tra, bao gồm tất cả các công đoạn của qui trình sản xuất, từ khâu nguyên liệu đến thành phẩm cuối cùng. Kiểm tra số lượng chủng khuẩn L. casei Shirota, kiểm tra có sự hiện diện các chất gây hại hay không, có đáp ứng tiêu chuẩn về vi sinh đặt ra cho sản phẩm sữa uống lên men hay không, cũng như là phân tích thành phần, độ axít, hương vị,... Tại Việt Nam, các nguyên liệu trước khi đưa vào sản xuất phải được sự kiểm nghiệm và cho phép của Viện Vệ sinh Y tế công cộng. Sản phẩm Yakult đáp ứng đủ tiêu chuẩn chất lượng đối với sản phẩm sữa uống lên men, theo qui định của Bộ Y tế, tiêu chuẩn TCVN 7030:2009. Và việc kiểm soát chất lượng được thực hiện cho đến khi sản phẩm hết hạn. Kiểm tra sản phẩm tại phòng Kiểm tra chất lượng
12.	Phân phối sản phẩm: sau khi sản phẩm được kiểm tra chất lượng, sau đó sẽ được phân phối đến các trung tâm của Yakult và vận chuyển đến người tiêu dùng với chất lượng tốt nhất.